企業主導型保育事業の消費税仕入控除税額報告｜提出手順と返還の考え方まとめ

企業主導型保育事業を実施する法人は、毎年度「消費税仕入控除税額報告」を行う必要があります。
この記事では、公益財団法人児童育成協会の最新資料（令和7年度改訂版）をもとに、報告の目的・時期・手順をやさしく整理しました。

※「ホームページのご利用上の注意」をお読み下さり、ご了承の上、お読みください。また、報告手続きについては、顧問の税理士（または、税理士法人）にご相談の上で、手続きを進めてください。

はじめに：このページの要点（60秒で把握）

助成金は不課税取引のため、助成金で賄った経費を控除した場合は「負担していない消費税」を協会へ報告・返還。
報告は法人単位で実施。対象決算期は「補助対象期間の末日以前に到来する直前の決算期」。
フローチャートにより「返還額0円」か「返還あり」かを判定し、積算内訳（PDF）と必要書類をピムスから提出。

１．なぜ「消費税仕入控除税額報告」が必要なのか

企業主導型保育事業の助成金は、消費税法上「不課税取引」に該当します。
したがって、助成金で購入した物品やサービスに含まれる消費税を、確定申告時に仕入税額控除してしまうと、
本来負担していない消費税分を「控除」していることになります。

このため、助成金を受けた法人は、確定申告後に「控除した分（＝負担していない分）」を協会へ報告し返還しなければなりません。
協会はその返還額を国庫に納めます。

📘 ポイント
この報告は、助成金の交付要領に定められた「交付条件」です。
未報告や誤った報告は、助成決定取消しの対象となることがあります。

２．報告のタイミング

法人の消費税確定申告が終わり、仕入控除税額が確定した時点で速やかに報告します。
協会から個別に連絡があるわけではなく、各法人が自主的に提出する必要があります。
報告の有無は指導監査の際に確認されます。

３．報告は「法人単位」で行う

運営委託事業者や保育施設単体ではなく、助成決定事業者（＝法人全体）として報告を行います。

また、報告対象となる「決算期」は、助成金が入金された期ではなく、
補助対象期間の末日以前に到来する直前の決算期です。
（例：令和6年度分なら、令和7年3月期決算が対象）

４．報告の種類と区分（フローチャート）

報告内容は、法人の課税区分や申告方法により異なります。
協会のフローチャートに基づくと、次の２つに大別されます。

区分	内容	必要書類の例
返還額0円の報告（ア〜オ）	助成金の対象経費に係る消費税仕入控除がない場合	積算内訳（0円報告）＋証明書類
返還あり報告（カ）	課税事業者で控除を行っている場合	積算内訳（返還あり報告）＋確定申告書・決算書など

５．「返還額0円の報告」に該当するケース

次のいずれかに該当する場合は、「返還額0円の報告」となります。

区分	内容	主な報告方法と手続きの流れ
ア：免税事業者	報告対象となる決算期において、消費税の納税義務がない場合（免税事業者）の報告です。	【報告方法】 1. 「積算内訳返還額0円報告」を作成し、概要理由で「ア」を選択する。 2. ピムスにて、返還相当額に「0」を入力する。【必要書類】 1. 積算内訳 0円報告 2. 法人の決算書類（法人単位）：貸借対照表、損益計算書など 3. 消費税の納税義務者でなくなった旨の届出書（※前期が課税事業者の場合のみ）
イ：初年度	報告対象となる決算期より後に保育施設が開園している場合（初年度のみ）の報告です。	【報告方法】 1. 「積算内訳返還額0円報告」を作成し、概要理由で「イ」を選択する。 2. ピムスにて、返還相当額に「0」を入力する。【必要書類】 1. 積算内訳 0円報告 2. 消費税確定申告書（第3-(1)号様式）の写し 3. 受信通知（電子申請の場合）など
ウ：簡易課税または2割特例	報告対象となる決算期において、消費税を簡易課税方式または2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）により申告している場合の報告です。	【報告方法】 1. 「積算内訳返還額0円報告」を作成し、概要理由で「ウ」を選択する。 2. ピムスにて、返還相当額に「0」を入力する。【必要書類】 1. 積算内訳 0円報告 2. 消費税確定申告書（第3-(1)号様式）の写し（簡易課税方式） 3. 消費税確定申告書（第3-(3)号様式）の写し（2割特例） 4. 受信通知（電子申請の場合）など
エ：特定収入割合が5%超	公益法人等（社会福祉法人など）であり、報告対象となる決算期において特定収入割合が5%を超えている場合の報告です。	【報告方法】 1. 「積算内訳返還額0円報告」を作成し、概要理由で「エ」を選択する。 2. ピムスにて、返還相当額に「0」を入力する。【必要書類】 1. 積算内訳 0円報告 2. 消費税確定申告書（第3-(1)号様式）の写し 3. 付表2の写し（消費税確定申告書） 4. 特定収入割合の計算過程が分かる書類（任意様式） 5. 受信通知（電子申請の場合）など
オ：非課税・不課税対応	報告対象となる決算期において、助成金の対象経費（完了報告に計上された経費）を、**非課税仕入、不課税仕入、または個別対応方式の「非課税売上のみに要するもの」として申告している場合の報告です。	【報告方法】 1. 「積算内訳返還額0円報告」を作成し、概要理由で「オ」を選択する。 2. ピムスにて、返還相当額に「0」を入力する。【必要書類】 1. 積算内訳 0円報告 2. 消費税確定申告書（第3-(1)号様式）の写し 3. 付表2の写し（消費税確定申告書） 4. 助成金の対象経費の消費税税区分がわかる資料（任意様式） 5. 受信通知（電子申請の場合）など

６．「返還あり報告」の場合

上記ア〜オのいずれにも該当しない課税事業者（本則（原則）課税）は、助成金で賄った経費の消費税額のうち、
控除した金額を計算して協会に返還します。

法人の決算期（3月決算／それ以外）に応じた「積算内訳（返還あり報告）」を作成
ピムスで「要返還額」を入力
必要書類（積算内訳・確定申告書・付表・決算書など）を添付
協会の承認後、「返還額決定通知書」に基づき納付

区分	内容	主な報告方法と手続きの流れ
カ：返還あり報告	助成金の対象経費に係る仕入控除税額を算定し、協会に返還する場合の報告です。	【報告方法】 1. 法人の決算期（3月決算法人/それ以外）に応じた「積算内訳返還あり報告」を作成し、助成金に係る返還相当額を計算する. (※3月決算法人はP28以降、それ以外はP41以降を参照) 2. ピムスにて、算定した「要返還額」を申請画面に入力する。【必要書類】積算内訳、消費税確定申告書、付表、法人決算書など、返還相当額の根拠となる全ての書類をピムスに添付する。【返還手続】報告が承認され、協会から「返還額決定通知書」を受領後、指定された期日までに返還金を協会に納付する。